食品加工厂购进农产品，用于生产销售农产品时，需要根据上游主体的具体情况，区分抵扣凭证和可抵扣的进项税额。如果上游为可以享受增值税免税优惠的主体（不包括批发零售环节免税及小规模纳税人增值税免税优惠），食品加工厂应以农产品买价和9%的扣除率，计算进项税额；如果上游为不能享受增值税免税优惠的小规模纳税人，食品加工厂应以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率，计算进项税额；如果上游为不能享受增值税免税优惠的一般纳税人，食品加工厂应根据增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税税额，确定进项税额。
需要注意的是，从小规模纳税人处购进农产品时，纳税人应根据取得增值税专用发票情况，填写《增值税及附加税费申报表附列资料（二）》（本期进项税额明细）的第6栏“农产品收购发票或者销售发票”，该行次的“税额”栏金额，按照如下方法计算：农产品销售发票或者收购发票上注明的农产品买价?% 增值税专用发票上注明的金额?%。据此，A食品加工厂应在该行次的金额栏填写3000元，税额栏填写270元。
特殊情况下，纳税人购进农产品，用于生产销售或委托受托加工税率为13%的货物，根据《财政部 税务总局关于简并增值税税率有关政策的通知》（财税〔2017〕37号）和《财政部 税务总局 海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》（财政部 税务总局 海关总署公告2019年第39号）规定，按照10%的扣除率计算进项税额。
需要强调的是，不论农产品销售方为一般纳税人、小规模纳税人还是自然人，只要其享受增值税免税优惠，那么，对加工厂来说，取得的增值税普通发票，不得作为计算抵扣进项税额的凭证，也不得作为进项税额在销项税额中抵扣。